El trabajo de ProYungas se encuentran enmarcado en cuatro áreas, complementarias entre sí, en las cuales pretenden alcanzarse los siguientes objetivos:

Generación de información y capacitación técnica.

• Orientar y sustentar vocaciones y compromisos profesionales hacia la problemática ecológica de las Yungas.
• Fomentar la investigación generando información de base para el proceso de toma de decisiones y la implementación de acciones de conservación.
• Administrar fondos de apoyo a la investigación científica.

Conservación de los recursos naturales.

• Crear un Sistema de Información Geográfica Ambiental orientado a la planificación territorial y al establecimiento de prioridades de conservación en la Alta Cuenca del Río Bermejo (ACRB) en Salta y Jujuy y en el Sistema del Aconquija en Tucumán y Catamarca (áreas prioritarias de acción).
• Trabajar en la conservación de las selvas de montaña a escala ecoregional, incluyendo las selvas de montaña de Bolivia y dentro del marco de una estrategia que incluya a otros países interesados en la conservación de este ecosistema a lo largo de los Andes, particularmente en lo que hace a la identificación de áreas prioritarias de conservación, además del diseño y gestión de reservas naturales públicas y privadas.
• Educar y concientizar a la población en temas relacionados con la conservación de las Selvas de Montaña.

Desarrollo sustentable.

• Generar espacios de trabajo en terrenos que vinculen la conservación de la biodiversidad con el desarrollo productivo de comunidades locales (campesinas y aborígenes) de las Selvas de Montaña.
• Orientar vocaciones y compromisos profesionales hacia la problemática socioeconómica de las Yungas.
• Revertir la tendencia a la marginación social y económica de las comunidades campesinas y aborígenes que habitan la ACRB , generando oportunidades de trabajo de bajo impacto ambiental que apunten a la sustentabilidad ecológica y social.
• Implementar un Programa de apoyo a la certificación forestal en las áreas boscosas de la ACRB, incluyendo el desarrollo de los estándares ecoregionales de FSC.

Difusión.

• Producir y distribuir material gráfico destinado tanto al público en general como al sector académico.
• Organizar y participar en reuniones, exposiciones, talleres y cursos de carácter disciplinario u organizados para el publico en general.